Las etapas que conforman el ciclo de proyectos de FONPLATA son: identificación; orientación y análisis; negociación y aprobación; ejecución; y evaluación y monitoreo; tal como se muestra en el gráfico. Las mismas se aplican a todas las operaciones de préstamo, cooperación técnica u otros instrumentos financieros previstos en las políticas de la institución.
Este ciclo es gestionado por la Gerencia de Operaciones y Países, con la participación de la Gerencia de Administración y Finanzas, en los aspectos financieros de la operación; y de la Consejería Legal, en los aspectos jurídicos. La Presidencia Ejecutiva supervisa y aprueba –con el asesoramiento del Comité Operativo- sus etapas clave desde la identificación del proyecto hasta la evaluación de la operación informando periódicamente al Directorio Ejecutivo, que participa en la etapa de aprobación de las operaciones con el apoyo de la Comisión General del Directorio.